Bully consiste en una serie de misiones principales que el jugador debe superar para completar el juego, y por otro lado misiones secundarias. La historia principal del juego es lineal pero la orden de desarrollo del juego no lo es tanto. Utilizando al personaje principal, Jimmy Hopkins, se tiene como opción recorrer el campus y la ciudad, completando las misiones cuando se lo desea. El juego explota el recurso de mini juegos, es decir, juegos cortos anidados en el desarrollo de la partida; algunos son usados para ganar dinero y otros para mejorar las habilidades de Jimmy.
